В любом случае план побега остался в области мечтаний. Посольство в Польшу выехать не успело, события развивались быстрее. В Преображенском в одну ночь случилось два пожара. То ли кто-то поджигал, то ли случайно — одно строение потушили, вскоре другое вспыхнуло. Сочли, что это делали злоумышленники, чтобы воспользоваться суматохой и убить царя. Нарышкины переполошились. Петр потребовал караулы стрельцов от верного ему Сухарева полка. Шакловитый доказывал, что правильнее наряжать их по очереди от всех полков — это было отвергнуто. И, по-видимому, замыслы противников не были для Нарышкиных тайной. Ведь на их стороне были и начальник политического сыска Ромодановский, и двоюродный брат канцлера Борис Голицын.
И Шакловитый, видя, что сторонники Петра насторожились, решил повторно разыграть сценарий хованщины. Поднять стрельцов под предлогом угрозы от Нарышкиных, а под шумок сделать свое дело. Были выделены люди, начавшие нападать на караулы в Москве и избивать стрельцов, не забывая представиться, что они — Нарышкины. А в ночь на 17 августа полки подняли по тревоге. Дескать, получены известия, что «потешные» Петра идут на Москву, чтобы захватить дворец и убить Софью. Войска заняли Кремль, расставили пушки. Правительница заявляла: «Если бы не мои предосторожности, они бы нас всех поубивали!» Что выглядело не очень убедительно. «Потешных» было 600 чел., а в Москве располагались 17 стрелецких, 2 гвардейских полка и несколько солдатских и рейтарских. Но в поднявшейся неразберихе отряд во главе с Шакловитым поскакал в Преображенское.
Да только еще раньше туда понеслись с предупреждением стрельцы Феоктистов и Мельнов. Может быть, сторонники Петра, а скорее — из агентуры Нарышкиных или Ромодановского. Юный царь спросонья перепугался. Счел, что на него идут все стрельцы. В ночной рубашке прыгнул в седло и поскакал в Троице-Сергиев монастырь. Очень похоже, что план укрыться за стенами обители прорабатывался заранее. И за Петром быстро снялся с места и двинулся туда весь двор. А Шакловитый с подручными застали лишь суету эвакуации и обнаружили, что царя нет. Впоследствии они оправдывались, будто приезжали для смены караула — и были изобличены, поскольку смена всегда производилась днем.
Из Троицы Петр разослал грамоты, требуя прибыть к нему выборным стрельцам и полковникам всех полков «для подлинного розыску». Призвал к себе и всех бояр, гостей, гостиную сотню, выборных от посадов и черных слобод. То есть обратился к земству. И, судя по представительству, намереваясь вынести свой спор с сестрой на Земский Собор. Софья воспротивилась. Убедила в своей правоте царя Ивана и через него было под страхом смерти запрещено кому бы то ни было отлучаться из Москвы. Стольника Велико-Гагина, гонца от Петра, жестоко избили и едва не прикончили.
Но тогда и Нарышкины повторили сценарий хованщины. Разослали приказы о сборе войск. Софья стала рассылать аналогичные приказы. Вот тут-то и стало ясно, насколько правление ее и Голицына было «популярным» в России. Получая эти противоположные приказы, части пошли не в Москву, а в Троицу. Из столицы туда же выступили иностранные офицеры, солдаты, потянулись бояре. Софья еще пробовала удержать стрельцов. Надеялась, что средний комсостав будет более верным, чем полковники, лично агитировала и поила водкой десятников, сотников. Но и стрельцы стали уходить. Голицын же в эти дни ярко показал, чего он стоит на самом деле. Забился в свой дом, и его вообще было не видно и не слышно. Действовали только Софья и Шакловитый.
Осознав, что она проиграла, правительница стала искать пути к примирению. Послала в Троицу тетку Татьяну Михайловну и сестер Марфу и Марию. Там им предъявили доказательства заговора, и Татьяна предпочла остаться с Нарышкиными.’ Софья просила о посредничестве патриарха. Он поехал — но только для того, чтобы тоже остаться в монастыре. Царевна и Шакловитый обращались к Ивану, предлагая «да един он царствует». Но больной царь, похоже, устал от них. Отвечал, что он готов уступить власть брату, «вы же всуе мятетесь». А Медведев нашел колдуна Ваську Иконникова, убеждавшего, что в его власти состоит сам сатана, и если ему дадут 5 тыс. руб., он сделает все, как было до кризиса. Однако это уж было совсем глупо. Денег не дали, и Медведев сбежал.
Голицын тоже имел полную возможность удрать. Но, по Невилю, не захотел быть «несчастным беглецом без денег и имения в чужой стране». А Софья надумала сама ехать к брату. Нет, и этого не удалось. В Воздвиженском ее встретили Троекуров и Бутурлин и передали повеление остановиться. А «буде она не повинуется, то поступлено будет с нею нечестно». Настала агония прежней власти. В Москву прибыл полковник Сергеев с 300 стрельцами и потребовал выдать Шакловитого. Софья прятала его в личных покоях. Но Сергеев предупредил, что вынужден будет обыскать ее комнаты. Нехорошо, мол, получится, если его там найдут. Иван же заявил, что ссориться с братом из-за «вора» не намерен, и подтвердил приказ — выдать. С царевной повторилось то же самое, как она в свое время обошлась с Натальей, заставив выдать на смерть брата. Она распрощалась с любовником, велела причаститься «в запас» и отправила.
Шакловитого и его сообщников подвергли пыткам, добившись признания вины. Судить их было предложено выборным от стрелецких полков. Начальника Стрелецкого приказа и двоих подручных казнили, шестерых били кнутом и сослали. Были взяты под стражу Голицын и его приближенные — сын Алексей, дворецкий Толочанинов, казначей Ржевский, севский воевода Неплюев, генерал-кригскомиссар Змеев, генерал Косагов. За канцлера ходатайствовал Борис Голицын, и жизнь ему сохранили, от пыток избавили. Его вместе с сыном пожизненно сослали в Холмогоры. Имущество было конфисковано: в доме нашли массу богатой мебели и украшений, 400 пудов одной лишь серебряной посуды, а в подвале было зарыто 100 тыс. червонцев, которые он присвоил из украинской войсковой казны после ареста Самойловича. Неплюева, Змеева, Косагова сослали в Пустозерск, Толочанинова в Переяславль, Ржевского в Новобогородицк. Софье брат написал, чтобы добровольно постриглась в монахини. Она не ответила. Кажется, с запозданием подумывала о побеге в Польшу. Но ничего предпринять уже не успела. Приехал Троекуров с повелением взять царевну и, не говоря ей ни слова, заключить в Новодевичий монастырь. Что и было исполнено.
Лишь после этого, 10 сентября, двор торжественно вернулся в Москву. От заставы до Успенского собора были построены войска «в ружье». Петр обнялся с Иваном, который безоговорочно уступил ему первенство. Отслужили молебен. И от имени обоих царей был издан указ «ни в каких делах правительницы больше не упоминать». В новое правительство вошли дядя царя Лев Нарышкин, друг Алексея Михайловича и опекун Петра Тихон Стрешнев, Борис Голицын, Урусов, Ромодановский, Троекуров, Прозоровский, Головкин, Долгоруков. Сохранили посты Репнин, Виниус, Шереметев. Из выдвиженцев Голицына и Софьи не подверглись опале думный дьяк Украинцев, воевода Алексей Шеин. То есть, все же с разбором «чистили». Важную роль в руководстве занял патриарх Иоаким.
И политика сразу повернулась в национальное русло. Уже на следующий день после установления в Москве новой власти иезуитам было предписано в двухнедельный срок покинуть страну. А императору и польскому королю объявили — отныне и навсегда представителям этого ордена возбраняется приезжать в Россию. Было запрещено католическое богослужение, а шведам и полякам прикрыли транзитную торговлю через нашу территорию. Сильвестра Медведева поймали по дороге в Польшу и после долгого следствия казнили. Ну а изгнанные иезуиты очередной раз ославили русских как «варваров». А Невиль оказался настолько «прозорлив», что писал — мол, с воцарением Петра погибнут все начинания «европеизации», и Россия вернется к патриархальщине столетней давности. И советовал Людовику XIV после того, как он разгромит Аугсбургскую лигу, «применить силу» против русских. Иначе, мол, с ними нельзя, они «незнакомы с правилами вежливости» и «чтобы достигнуть каких-либо результатов, с ними не должно обращаться учтиво». Как уж тут «учтиво» уступки получать, если «перестройка» кончилась?